Viện Nghiên cứu Thiên niên kỷ, một văn phòng tư vấn nơi những yêu cầu kỳ lạ được đưa ra. Người đứng đầu viện nghiên cứu, Ichirou Umoregi, còn được gọi là "Akuma-kun", một cậu bé thiên tài chỉ xuất hiện một lần trong 10.000 năm. Tuy nhiên, anh ấy không biết gia đình thực sự của mình. Vì vậy, Akuma-kun, cùng với cộng sự Mephisto III, theo đuổi bí ẩn về nguồn gốc của mình đồng thời thách thức những vụ án bí ẩn trong câu chuyện về người bạn thám tử bí ẩn này.
