Blue Gender lấy bối cảnh vào những năm 2030, trong đó Trái Đất đã bị tấn công bởi các sinh vật côn trùng ngoài hành tinh Blue có chứa một tế bào B mới tiến hóa, giết và thu hoạch con người để làm thực phẩm. Hầu hết loài người còn sống sót đã chuyển đến Trái Đất Thứ Hai, một trạm vũ trụ khổng lồ quay quanh hành tinh này. Bộ truyện tập trung vào mối quan hệ giữa Yuji - một người cũng sở hữu tế bào B và Marlene - một người lính từ Trái Đất Thứ Hai, khi họ làm việc cùng nhau để trở lại Trái Đất Thứ Hai và sau đó tham gia vào các chiến dịch quân sự chống lại Blue.
