Cyborg 009 Call of Justice sẽ kể về Joe Shimamura cùng những cyborgs (nửa người nửa máy) khác đối đầu với Bresudo, một nhóm người có sức mạnh siêu nhiên và trí tuệ. Bresudo đã thao túng lịch sử nhân loại từ thời cổ đại. Không ai rõ âm mưu của họ là gì, chỉ biết chúng đang gieo rắc bóng tối lên toàn thế giới.
