Một thế giới ảo được tạo ra bởi mạng ngày nay được gọi là "Thế giới kỹ thuật số". "Quái vật kỹ thuật số", là một vật thể sống kỹ thuật số, được sinh ra, và máy tính chủ Yggdrasil quản lý các khu vực Thế giới kỹ thuật số khác nhau. Tuy nhiên, nó đã phát triển Chương trình sợ hãi X để loại bỏ tất cả Digimon trong thế giới cũ và phát triển một Thế giới kỹ thuật số mới cho chỉ một số Digimon nhất định ... Giờ đây, cuộc khủng hoảng lớn nhất từng đến gần Thế giới số.X-Digimon, một loại Quái vật Kỹ thuật số mới, bị săn đuổi bởi các Hiệp sĩ Hoàng gia, những người bảo vệ Thế giới Kỹ thuật số. Chủ của họ, người giám sát mạng Yggdrasil, tìm cách thiết lập Project Ark để đổi mới Thế giới kỹ thuật số và tạo ra Digimon mới, nhưng phải trả giá bằng tất cả cuộc sống kỹ thuật số khác. X-Digimon mới này sẽ tìm ra câu trả lời cho sự tồn tại của chính nó khi nó cố gắng bảo vệ cuộc sống của tất cả Digimon và trong quá trình này, nó sẽ thay đổi Thế giới số mãi mãi.
