Lấy bối cảnh sau sự kiện ở Grisaia no Rakuen, tổ chức ngầm CIRS buộc phải hoạt động công khai, học viện Mihama bị mua lại và trở thành một cơ sở đào tạo sát thủ. Phantom Trigger sẽ là series xoay quanh các học sinh lớp A, các sát thủ tập sự. Các học sinh gồm có tay súng Rena (biệt danh: Chó điên), xạ thủ Tohka, chuyên viên thuốc nổ Chris, Russian ninja Murasaki, và Haruto, “quản lý” của đội. Họ được gọi là SORD (Social Ops, Research & Development), chuyên đảm nhiệm các nhiệm vụ “dọn dẹp” bằng súng và thuốc nổ, trên danh nghĩa “Bảo vệ an ninh quốc gia”. Bỏ mặc an toàn chính bản thân, những học sinh này liên tục lao vào các nhiệm vụ nguy hiểm – tất cả vì lợi ích của quốc gia.“Chúng tôi đã được cho một vị trí trong thế giới nàyChỉ việc đó không thì chưa đủ... Nếu chỉ sống thôi thì chẳng có nghĩa gì cả…Chỉ sống trên lưng của người khác là chưa đủ. Tôi phải sống bằng chính sức mạnh của mình, và tôi chiến đấu để tồn tại.Vì chỉ khi đấu tranh để tồn tại thì chúng tôi mới có thể “sống”….”Dù cuộc sống có chà đạp họ, tưởng lai nào sẽ đợi chờ các cô gái này, những người chọn còn đường sống với súng và đạn?
