Sau thất bại của Myouri Unzen trong tay của Medaka Kurokami và Hội đồng Học sinh của cô, hòa bình đã trở lại Học viện Hakoniwa - ít nhất, trong một thời gian ngắn. Ngay sau đó, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune và Mogana Kikaijima nhận thấy mình bị mắc kẹt trong một kế hoạch nham hiểm khác, được gọi là "Kế hoạch Khắc đá", do chính hiệu trưởng của trường dẫn đầu.
