Trong Niihama City năm 2029, công nghệ cybeetic phát triển vượt bậc cho phép con người thay thế cơ thể bằng bộ phận cơ giới. Đội đặc nhiệm Cục An ninh Tiểu Đội 9, dẫn đầu bởi Thiếu tá Motoko Kusanagi – một cyborg tài năng, được giao nhiệm vụ truy lùng "Kẻ Điều Khiển Rối", một hacker bí ẩn xóa ký ức nạn nhân hàng loạt. Khi âm mưu của kẻ thù dần phơi bày, vụ án đẩy Motoko vào cuộc đối đầu đa phương với các thế lực ngầm, buộc cô đối diện câu hỏi nhức nhối về ranh giới giữa ý thức con người và trí tuệ nhân tạo.
