Năm là 2045, và trí tuệ nhân tạo đã trải qua những bước phát triển vượt bậc. Các chính phủ sử dụng chúng như vũ khí, tham gia vào cuộc chiến không hồi kết để duy trì nền kinh tế của họ. Nhóm lính đánh thuê GHOST, đứng đầu là Thiếu tá Motoko Kusanagi, không còn xa lạ với cảnh quan này. Tuy nhiên, sự đổi mới nhanh chóng của công nghệ này gây ra một mối đe dọa mới ở phía trước.Sau khi rời Khu vực An ninh Công cộng 9, Kusanagi và nhóm của cô ấy tham gia vào nhiều hoạt động trên toàn thế giới liên quan đến các cuộc chiến tranh ủy nhiệm này. Nhưng một công việc tưởng như đơn giản là xác định vị trí một kẻ buôn bán vũ khí đã kéo GHOST vào một cuộc xung đột tiềm ẩn chống lại những cá nhân được tăng cường điều khiển học, những người đã đạt được trí thông minh và khả năng thể chất cực kỳ khó giải thích. Được mệnh danh là "hậu nhân loại", sự xuất hiện của họ mở ra một chuỗi sự kiện dẫn đến sự tái hợp của Phần 9. Được trang bị một nhiệm vụ mới, Kusanagi và đội được thành lập lại của cô ấy là để ngăn chặn sự hỗn loạn toàn cầu dưới bàn tay của những người hậu kỳ này. .
