một năm trước sự kiện của series Macross đầu tiên. Cuộc chiến UN giữa UN và Liên Minh Chống UN đã đến hồi kết và mọi sự tập trung của 2 phe đổ dồn về đảo Mayan, nơi một phi thuyền lạ rơi xuống 9 năm về trước. Shin Kudo, một phi công của bên UN và những cư dân đảo Mayan vô tình bị vướng vào cuộc chiến giành giật phi thuyền lạ kia.
