Tiếp nối phần I sau khi cậu bé cùng sư phụ Jiraiya của mình đi tập luyện xa trở về làng Lá. Sau khi huấn luyện 2 năm rưỡi với Jiraiya, Naruto trở về làng Lá, đoàn tụ với những người bạn cậu đã chia tay, và lập lại Nhóm 7, giờ được gọi là Nhóm Kakashi, với Sai thế chỗ Sasuke. Tất cả những người bạn của Naruto đều đã trưởng thành và thăng cấp, có người hơn người khác. Không giống như phần đầu khi chúng chỉ đóng vai trò phụ, tổ chức Akatsuki chiếm lấy vai trò đối nghịch chính trong tham vọng thống trị thế giới.
