Batman Ninja có một cuộc hành trình xuyên thời gian khi cỗ máy dịch chuyển thời gian của Gorilla Grodd vận chuyển nhiều kẻ thù tồi tệ nhất của Batman đến Nhật Bản thời phong kiến — cùng với Hiệp sĩ bóng đêm và một số đồng minh của anh ta. Các nhân vật phản diện tiếp quản các hình thức của các lãnh chúa phong kiến cai trị vùng đất bị chia cắt, với Joker đứng đầu trong số các phe chiến tranh. Khi vũ khí công nghệ cao truyền thống của anh ta cạn kiệt gần như ngay lập tức, Batman phải dựa vào trí tuệ của mình và các đồng minh - bao gồm Catwoman và gia đình Bat-mở rộng - để khôi phục trật tự cho vùng đất và trở lại Thành phố Gotham ngày nay.
