Vào một ngày mới ở vùng Kanto, Satoshi được giáo sư Yukinari Ookido mời đến dự lễ khai trương phòng thí nghiệm của giáo sư Sakuragi tại thành phố Vermillion. Trong bài phát biểu tại buổi lễ, Giáo sư Sakuragi nhận được cảnh báo về một Pokémon hiếm có thể xuất hiện ở bến cảng của Vermillion City, khiến Satoshi và các huấn luyện viên khác chạy tới khu vực này với hy vọng tìm thấy Pokémon bí ẩn. Tại bến cảng, họ tìm thấy Lugia một con Pokemon huyền thoại tham gia chiến đấu với các huấn luyện viên khác.Nhận thấy chiến thuật của các huấn luyện viên khác, Satoshi có đối tác của mình, Pikachu, tấn công Lugia bằng đòn tấn công Thunderbolt. Không hề bối rối, Lugia chạy trốn, nhưng không phải trước khi Satoshi kiên quyết nhảy lên lưng nó. Trước sự ngạc nhiên của Satoshi, anh gặp một cậu bé khác, Gou, người cũng nhảy lên lưng Lugia. Cả hai cưỡi trên lưng Lugia khi nó đưa họ đi theo một cuộc phiêu lưu kỳ quái trên biển. Khi nó cho phép hai người trở lại mặt đất, Satoshi và Gou chào tạm biệt Lugia và trở về Viện Sakuragi.Bị ấn tượng bởi những phát hiện của Gou và cái nhìn sâu sắc của Satoshi trong cuộc gặp gỡ của họ, Sakuragi yêu cầu bộ đôi này trở thành đối tác nghiên cứu mới của anh. Và thế là cuộc hành trình của bộ đôi bắt đầu, đi qua nhiều vùng để gặp nhiều Pokémon Pokemon mới, bao gồm cả những người có khả năng Gigantamax!
