Câu chuyện của bộ phim mới lấy bối cảnh ở Rừng Okoya, một thiên đường Pokémon được bảo vệ bởi các quy tắc nghiêm ngặt cấm người ngoài đặt chân vào bên trong. Bộ phim tập trung vào Coco, một cậu bé được nuôi dưỡng bởi Pokemon và cũng tự coi mình là một Pokemon, cậu xem Pokemon huyền thoại Zarude là cha của mình. Satoshi và Pikachu cô tình chạm trán Coco trong một cuộc phiêu lưu. Bộ phim tập trung vào chủ đề “con người được nuôi dưỡng bởi Pokémon”, thay vì trọng tâm của các bộ phim trước đó về “mối liên kết giữa người huấn luyện con người và Pokémon của họ”.
