Shadowverse Flame có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar. Tuy nhiên, Seventh Flame đang trên đà đóng cửa do thiếu thành viên! Để tránh sự sụp đổ của câu lạc bộ, Light quyết định tìm kiếm thành viên mới. Nhưng những gì đang chờ đợi anh ta là những đối thủ mạnh mẽ, những người kiểm soát nhiều loại thẻ...
