Mở đầu câu truyện, cậu học sinh trung học 17 tuổi Shinichi Kudo bị biến thành cậu bé Conan Edogawa. Shinichi trong phần đầu của Thám tử lừng danh Conan được miêu tả là một thám tử học đường xuất sắc. Trong một lần đi chơi công viên "Miền Nhiệt đới" với cô bạn từ thuở nhỏ Ran Mori, cậu tình cờ chứng kiến vụ một án giết người, Kishida - một hành khách trong trò chơi Chuyến tàu tốc hành đã bị giết một cách dã man. Cậu đã giúp cảnh sát làm sáng tỏ vụ án. Trên đường về nhà, cậu vô tình phát hiện một vụ làm ăn mờ ám của những người đàn ông mặc toàn đồ đen. Khi chúng phát hiện ra cậu, Shinichi đã bị đánh ngất đi. Sau đó những người đàn ông áo đen đó đã cho cậu uống một thứ thuốc độc chưa qua thử nghiệm là Apotoxin-4869 (APTX 4869) với mục đích thủ tiêu cậu. Tuy nhiên chất độc đã không giết chết Kudo. Khi tỉnh lại, cậu bàng hoàng nhận thấy mình đã bị teo nhỏ lại thành hình dạng của một cậu học sinh tiểu học. Theo lời khuyên của Tiến sĩ Hiroshi Agasa, Shinichi đã che giấu tung tích, để tránh việc Tổ chức Áo đen có thể phát hiện ra rằng cậu vẫn còn sống. Khi Ran hỏi tên cậu, Shinichi đã ghép "Conan" trong tên của Sir Arthur Conan Doyle và "Edogawa" trong tên của Edogawa Rampo, buột miệng nói ra tên mình là "Conan Edogawa". Tiến sĩ Agasa đã nói Conan là một người cháu của mình, nhưng hiện ông đang quá bận rộn không thể chăm sóc cho chú bé nên đã nhờ Ran trông nom Conan giúp mình. Ran nhận lời và từ đó Conan sống tại nhà của Ran tức văn phòng thám tử Mori, vừa che giấu thân phận vừa điều tra tung tích của Tổ chức Áo đen và tìm kiếm thuốc giải độc.
